<div id="chapter_select"></div> 레이어창을 브라우져 화면가운데 띄우는 자바스크립트 예제입니다. jQuery로 작성하였습니다. 

function fnOpenChapter() {
var obj = $('#chapter_select');
var iHeight = (document.body.clientHeight / 2) - obj.height() / 2 + document.body.scrollTop;
var iWidth = (document.body.clientWidth / 2) - obj.width() / 2 + document.body.scrollLeft;

obj.css({
position: 'absolute'
, display:'block'
, top: iHeight
, left: iWidth
});
}


여기서 주의할 것은 document.body.scrollTop 와 document.body.scrollLeft 입니다. 화면에 스크롤이 생겨서 스크롤 위치가 변경될 경우에는 스크롤 값도 레이어 위치에 영향을 주므로 해당 값도 확인해서 레이어 위치값에 반영합니다.